Introducción

La bioinformática es una ciencia interdisciplinar que se ocupa del uso de técnicas matemáticas, informáticas, algorítmicas y estadísticas para resolver problemas biológicos, desde el ensamblaje de genomas completos hasta la modelación de la evolución. Pretendemos con este curso la implicación de la USC en la formación y transmisión de conocimiento puntero a sus alumnos y a la sociedad en general, puesto que las actuales licenciaturas no tratan estos temas en profundidad ni tampoco se disponen de estudios específicos sobre el tema: es más, a nivel nacional, existen aún muy pocos cursos de formación sobre el tema, a pesar de su creciente importancia. Especialmente en los aspectos avanzados que trataremos en el curso.

En el curso de verano que proponemos se pretende ofrecer un primer nivel de formación, tanto teórico como práctico, en algunas de las técnicas más importantes y de mayor proyección futura de la bioinformática de hoy.

El momento actual en Galicia es de una explosión en recursos humanos y materiales destinados a la acuicultura, con la ampliación de REGABA (rede galega en biotecnoloxía e acuicultura), su probable liderazgo en una red similar a nivel estatal, y la estrecha colaboración con las empresas del sector asentadas en Galicia. El grupo proponente del curso colabora activamente apoyando dichas iniciativas, de notable carga bioinformática, que requerirán la formación de personal especializado.

Asimismo, el advenimiento de nuevas técnicas de secuenciación como "454 sequencing" contribuirá a una mayor y más rápida generación de datos de secuenciación, lo que disparará la demanda de herramientas matemáticas y bioinformáticas, y profesionales instruidos en su uso correcto.

La gripe aviar es un tipo de gripe que se hospeda en aves y que puede infectar varias especies de mamíferos, el hombre entre ellas. Fue identificado en Italia por primera vez al principio del siglo pasado, y ahora se sabe que existe en el mundo entero. Dada la actualidad del tema nos parece oportuno revisar varias de las herramientas bioinformáticas existentes que nos permitan hacer una valoración crítica de lo difundido sobre la enfermedad en la mayoría de los medios de comunicación.

Los SNPs (o polimorfismos de un solo nucleótido) , que constituyen el 90% de la variación genética en el genoma humano entre individuos nos están proporcionando valiosa información sobre la respuesta del individuo frente a enfermedades, bacterias, virus, e incluso información sobre la etnia y características morfológicas.

Un microarray de ADN es una colección de "spots" o puntos de ADNc, ARN... microscópicos adheridos a una superficie sólida (hoy en día vidrio) dispuesta en forma tabular. Su uso fundamental es la medida de los niveles de expresión de un gran número de genes simultáneamente, con el fin de caracterizar muestras. Los investigadores los usan para identificar variación genética en individuos en poblaciones, mutaciones en cáncer, comparaciones entre células sanas y enfermas, etc. El abaratamiento de costes traerá consigo su uso generalizado y la necesidad de un experto en analizar los datos contenidos.

En este curso se hará especial hincapié en los aspectos relacionados con los modelos matemáticos subyacentes a las técnicas bioinformáticas, y que pueden orientar a una utilización más crítica y rigurosa de éstas. Por otra parte, se pretende mostrar cómo estas mismas técnicas bioinformáticas son utilizadas en diversos casos prácticos desarrollados en los diversos talleres del curso. Dicha formación será impartida por profesionales familiarizados con el uso diario de dichas técnicas.

El formato del curso con una gran componente práctica de talleres asociados a sesiones teóricas fue en un principio sugerido por los alumnos de cursos anteriormente organizados por el grupo, y la experiencia demuestra que ha sido muy popular, productiva y gratificante para los alumnos. La capacidad de las aulas de informática disponibles (25 personas), unida a la fuerte demanda del curso, aconseja desdoblar el alumnado en dos grupos para así poder ofertar 50 plazas. Esto obliga a la intervención en varias sesiones de algunos de los ponentes, que preferiblemente deben ser los mismos que han impartido la correspondiente sesión teórica.