Os aspectos concretos sobre os que pretendemos que se desenvolvan as distintas conferencias podemos agrupalos en tres bloques distintos:

Bloque 1 (gripe aviar e técnicas de visualización). Profesores: Manuel Lemos Ramos, José Carlos Fernández López, Juan José Neto Roig, José A. Alvarez Dios, Manuel Calaza Cabanas, e Antonio Gómez Tato. 9 horas.

Esta primeira parte do curso, que ademais será a primeira cronológicamente, se estructurará nun total de cinco conferencias e un obradoiro práctico. Utilizarase como fío condutor a análise bioinformática do virus H5N1 responsable dos focos de gripe aviar que ocorreron nestes últimos meses. Dada a “alarma social” xerada en torno a este tema e máis concretamente a posibilidade dunha pandemia xerada por devandito virus, cremos que será o suficientemente atractivo para os alumnos e serviranos para revisar a través do estudo deste caso as técnicas bioinformáticas de uso habitual nos laboratorios de bioloxía molecular. O noso obxectivo é o de achegar aos alumnos á boa praxe en torno a estas técnicas e aclarar no posible algunhas dúbidas que se suscitan habitualmente entre o persoal destes laboratorios á hora de utilizalas. Pretendemos estudar este virus (na medida que se coñece información sobre el) vendo desde as técnicas de secuenciación pasando polo acceso a bases de datos, a realización de aliñamentos, execucións de BLAST ou árbores de filoxenia. Concluiremos coa realización dun obradoiro práctico no que veremos en funcionamento todas estas técnicas traballando sobre secuencias reais. Neste obradoiro farase uso fundamentalmente das numerosas ferramentas de software libre dispoñibles a través da web. Deste xeito remarcamos un dos aspectos fundamentais da bioinformática actual: a gran cantidade de recursos, boas ferramentas e bases de datos de libre acceso dispoñibles en Internet, mediante protocolos maduros, como HTTP, e novos protocolos que están gañando en popularidade, como RSS.

A nosa proposta de títulos para as conferencias e o obradoiro é a seguinte:

“Nocións de bioloxía molecular para bioinformáticos”. Manuel Lemos Ramos.

“Secuenciación de ADN: de experimentos in vivo a experimentos insilico ”. José Carlos Fernández López.

“Estudo e representación gráfica de secuencias xenéticas”. Juan José Neto Roig.

“A gripe aviar: características biolóxicas e epidemiológicas do H5N1”. Manuel Calaza Cabanas.

“Uso do Influenza Virus resource na análise do H5N1”. Antonio Gómez Tato.

“Obradoiro práctico: gripe aviar e filoxenia”. Manuel Calaza Cabanas e José Antonio Álvarez Divos.

Bloque 2 (acuicultura). Profesores: Paulino Martínez Portela, Carmen Bouza Fernández, e José Carlos Fernández López. 6 horas.

Nesta segunda parte do curso expoñeranse algúns problemas crave nas actividades de I+D en acuicultura cunha importante carga bioinformática. A análise de expresión génica de potenciais reproductores infectados por certos patóxenos habituais será o fío condutor para a revisión das distintas ferramentas bioinformáticas implicadas en todas as fases do problema de caracterizar individuos resistentes ás infeccións de interese. En particular, os alumnos tomarán contacto coas ferramentas bioinformáticas necesarias para obter e procesar cromatogramas dun secuenciador, co fin de desenvolver librerías de expresión. Devanditos datos poderían empregarse no deseño dun microarray para caracterizar os reproductores resistentes, de evidente interese comercial e estratéxico. Comentaranse outras aplicacións xenéticas deste tipo de librerías. Ademais, exploraranse as vantaxes dun uso combinado da xenómica funcional e a xenómica estructural (mapa xenético) na selección de reproductores idóneos. Este bloque iría acompañado dun obradoiro de prácticas. As propostas de títulos serían as seguintes:

“Aplicacións dun microarray á análise de expresión génica en acuicultura”. Paulino Martínez Portela.

“Aplicacións da análise xenómico integrado: microarrays e xenómica estructural en especies mariñas”. Carmen Bouza Fernández.

“Obradoiro práctico: proceso de elaboración dunha librería de ESTs”. José Carlos Fernández López.

Bloque 3 (microarrays). Profesores: José A. Alvarez Dios, Manuel Calaza Cabanas, e Antonio Gómez Tato. 9 horas.

Nesta terceira parte do curso pretendemos que os alumnos realicen unha primeira toma de contacto cunha das técnicas bioinformáticas de hoxe máis sofisticadas: os microarrays. Son varios os aspectos que queremos tratar, desde os máis básicos (que non sinxelos) que van desde as consideracións bioestadísticas sobre a análise de datos de expresión génica, pasando polos tipos de microarrays, as consideracións biolóxicas e matemáticas relativas ao deseño e construción dun microarray e as súas aplicacións médicas, farmacolóxicas, en selección de individuos resistentes a enfermidades, etc. Neste bloque do curso programamos a realización de dous obradoiros prácticos: o primeiro deles irá enfocado á utilización de ferramentas gráficas que permitan ao usuario realizar os axustes necesarios nas imaxes de microarrays para a súa posterior análise estatística co fin de evaluar dos niveis de expresión xénica. Para iso utilizaranse imaxes tomadas dalgunha das bases de datos existentes sobre microarrays e intentarase reproducir, polo menos en parte, a análise xa realizada sobre a imaxe en cuestión. No segundo deles, intentaranse repetir análises similares pero da man das ferramentas de programación bioinformática máis empregadas polos investigadores no campo dos microarrays: R, Bioconductor e Matlab.

A nosa proposta de títulos para as conferencias e obradoiros é a seguinte:

“Microarrays como ferramenta para a análise da expresión génica”. José Antonio Álvarez Dios.

“Segmentación e extracción de datos de imaxes de microarrays”. Manuel Calaza Cabanas.

“Análise de microarrays con R, Bioconductor e MatLab”. Antonio Gómez Tato.

“Obradoiro Práctico: Segmentación e extracción de datos de imaxes de microarrays”. Manuel Calaza Cabanas e Antonio Gómez Tato.

“Obradoiro Práctico: Análise de microarrays con R, Bioconductor e MatLab”. José Antonio Álvarez Dios e Antonio Gómez Tato.

Bloque 4 (SNPs). Profesores: Christopher Phillips, Javier Costas Costas, e Anxo Carracedo Álvarez. 6 horas.

Os SNPs ou variacións simples de núcleotidos, convertéronse nunha importante ferramenta bioinformática nos últimos tempos da man da farmacoxenómica, a xenética de poboacións e as ciencias forenses. Os SNPs están resultando de utilidade na comprensión de por que os individuos teñen diferentes comportamentos en relación á absorción ou eliminación dun medicamento, ou por que un individuo experimenta un efecto secundario fronte a un medicamento e outros non. Tamén poden servir os SNPs como marcadores de xenes asociados a enfermidades. A utilización dos SNPs no estudo da resposta xenética ao fornezo de novos medicamentos, será de gran axuda no desenvolvemento da medicina “personalizada”. O poder discriminante dos SNPs entre individuos fixo que adquiran un papel relevante no campo da identificación forense e na clasificación poblacional de individuos. A inxente cantidade de información que xerou a procura de SNPs no xenoma humán estase recollendo en grandes bases de datos como a do proxecto Hapmap e dbSNP do NCBI. As conferencias previstas permitirán aos alumnos tomar contacto cun tema puntero de investigación nesta universidade. Os contidos desta parte do curso se estructurarán en catro conferencias para as que se propoñen os seguintes títulos:

“Unha perspectiva xenética poblacional baseada en SNPs: implicaciones en biomedicina”. Antonio Salas Ellacuriaga.

“O proxecto internacional HapMap: aplicacións en biomedicina”. Javier Costas Costas.

“Assessment of SNPs and data analysis for association studies”. Christopher Phillips.

“Farmacoxenómica e Farmacoxenética”. Angel Carracedo Álvarez.